Ein Pharmakonzern konkurriert mit dem Kriminellen Sean Ambrose um ein tödliches Virus, um Macht und Profit zu gewinnen, indem sie das Gegenmittel auf den Markt bringen. Agent Ethan Hunt hat den Auftrag, das Serum aufzuspüren und zu vernichten. Hunt stellt sein Team zusammen und will unbedingt die Diebin Nyah dabei haben, da sie früher mit Ambrose liiert war. Dann funken seine eigenen Gefühle dazwischen. John McCloy (Brendan Gleeson), der Chef des Pharmakonzerns "Bioclyte", lässt seinen Star-Molekularbiologen ein Serum und das Gegenmittel entwickeln: "Chimera", ein tödliches Grippevirus, und "Bellerophon", das Gegenmittel. Mit diesen Mitteln will er seine Macht auf dem Markt vergrößern. Ex-Agent Sean Ambrose (Dougray Scott) erfährt davon und hat die gleiche Idee, erbeutet das Serum und tötet den Wissenschaftler. Agent Ethan Hunt (Tom Cruise) wird von seinem Einsatzleiter Swanbeck (Anthony Hopkins) beauftragt, das Serum zu finden und zu vernichten. Hunt will unbedingt die Diebin Nyah Nordoff-Hall (Thandie Newton) als Lockvogel in seinem Team haben, da sie eine Affäre mit Ambrose hatte und er sie nicht vergessen kann. Er spürt sie in Andalusien auf, und die beiden verlieben sich ineinander. Nyah lässt sich bei Ambrose einschleusen, und Agent Hunt sowie sein PC-Genie Luther (Ving Rhames) beobachten sie auf Schritt und Tritt. Da der getötete Wissenschaftler das tödliche Serum im eigenen Körper schmuggelte, der nun zerstört ist, hält Ambrose nur noch das für ihn wertlose Gegenmittel in Händen. Hunt müsste also nur noch die letzten verbliebenen Reste von "Chimera" vernichten. Dabei wird er von Ambrose niedergeschossen und Nyah injiziert sich selbst die Probe. So kann Ambrose sie nicht töten, da er das Virus braucht. Hunt hingegen bleibt wegen der 20-stündigen Inkubationszeit des Virus nur eine knappe Frist, um "Chimera" zu vernichten und Nyah zu retten. Ein rasanter Wettlauf mit der Zeit beginnt. Regisseur John Woo präsentiert in "Mission: Impossible II" einen actiongeladenen, temporeichen Thriller, der seinen Helden durch etliche gefährliche Situationen jagt (Klettersequenz in Utah, Motorrad-Duell, grandiose Explosionen). Den Zuschauer erwarten ausgeklügelte Special Effects in Hochglanzoptik und ein herrlich choreografiertes Action-Ballett, aber auch ein Actionstar und seine Komplizin, zwischen denen die Chemie stimmt.

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