Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Ratte Splinter und die junge April O'Neil helfen. Es ist ein Geisteskampf zwischen Donnie und Bishop als er durch New Yorks U-Bahn-Netz rennt, um ihre bösen Mechazoiden zu stoppen. Doch wie schlägt man eine KI, die jeden deiner Schritte kontert?