Pete Thornton sieht sich gezwungen, als Leiter der Phoenix Foundation seinen Hut zu nehmen und sich pensionieren zu lassen, nachdem sich bei der Demontage eines nuklearen Sprengkopfes unter seiner Aufsicht ein tödlicher Unfall ereignet hat. MacGyver kann nicht glauben, dass Thornton die übliche Sorgfalt außer Acht gelassen hat, und wittert Sabotage. Und tatsächlich findet er Beweise für seine Theorie. MacGyver hat den Verdacht, dass Thorntons Nachfolger im Amt, Matt Webber, dahintersteckt. Am Ende kommt es zur großen Abrechnung zwischen MacGyver und den Verrätern, die Thornton aus dem Weg haben wollten, um während eines Staatsbesuches den Staatschef eines Dritte-Welt-Landes zu beseitigen.

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