Seit seiner siegreichen Auseinandersetzung mit den Maschinen liegt Neo in einem mysteriösen Koma. Tatsächlich ist sein Bewusstsein in einer Zwischenwelt zwischen der Realität und der Matrix gefangen. Morpheus und Trinity sind gezwungen, einen Deal mit dem mächtigen Merowinger einzugehen, um den "Auserwählten" zu befreien. Doch auch Neos Erzfeind Agent Smith hat einen Weg gefunden, den Regeln der Matrix zu entkommen. Seine Macht wird derartig groß, dass er droht, wie ein Virus die gesamte Matrix zu zerstören. Gleichzeitig befindet sich auch Zion, die letzte Zuflucht der Menschen, weiter in einer verzweifelten Lage: Die Maschinen werden in kurzer Zeit die Befestigungen der Stadt durchbrochen haben und jedes lebende Wesen vernichten. Neo muss in die Maschinenwelt an der Oberfläche, um den Computerhirnen einen riskanten Vorschlag zu machen...

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